根据《中华人民共和国审计法》的规定，2007年2月至5月，江苏省审计厅组织全省11个使用省补专项资金的省辖市(不含无锡、苏州市)、县（市、区）审计机关，对当地2006年度农民健康工程专项资金的筹集、管理、分配和使用情况进行了审计。
    一、基本情况
    2006年度农民健康工程专项资金由四个方面组成，即新型农村合作医疗基金、农村基本公共卫生服务资金、农村卫生机构基本服务能力建设资金、农村卫生技术人员培训经费。
    （一）新型农村合作医疗基金
    据统计，2006年接受审计的11个省辖市，实际参加新型农村合作医疗(以下简称参合)人数3606.77万人，平均参合率90.5%。当年筹集新型农村合作医疗基金201053.03万元，其中省级财政补助73766.63万元(含2005年省补指标781.63万元)，市级财政补助13151.25万元，县(市)财政补助52780.3万元，个人缴费54620.57万元，其他收入6734.28万元。当年基金支出172456.57万元，当年基金结余28596.46万元，累计滚存结余83485.96万元。实现了省政府提出的“2006年全省新型农村合作医疗人口覆盖率达到88%，人均筹资水平不低于50元”的目标。
    （二）农村基本公共卫生服务资金
    2006年，农村基本公共卫生服务专项资金按农村常住人口每人不低于6元的标准筹措，当年筹集专项资金24364.46万元，其中省财政补助10629万元，市级财政补助1531.87万元，县级财政补助12203.59万元；当年专项资金支出19806.24万元；期末专项资金结余4558.22万元。
    （三）农村卫生机构基本服务能力建设专项资金
    2006年，省卫生厅和省财政厅将经济薄弱地区的383个建制乡镇卫生院作为重点扶持单位，由省财政给予一定比例的补助。2006年，全省实际扶持建设乡镇卫生院430个(含南京、镇江2市地方扶持建设卫生院)，筹措专项资金25473.01万元，其中省财政补助11126.75万元，地方财政安排2455.08万元，单位自筹11891.18万元。所有设备由省卫生厅统一进行政府采购，分两批下拨乡镇卫生院。
    （四）农村卫生技术人员培训经费
    2006年，省财政安排农村卫生人员培训资金1000万元，由江苏职工医科大学、苏州卫生职业技术学院承担全省乡镇卫生机构管理人员的培训。2006年，全省计划培训农村卫生技术人员17814人，实际培训卫生技术人员22309人。
    审计结果表明，我省农民健康工程的实施，提高了农村公共卫生和基本医疗服务体系建设水平，对解决农民群众因病致贫、因病返贫问题起到了积极的作用，受到了广大农民的普遍欢迎。新型农村合作医疗筹集标准的提高，各地相继调整了补偿方案，通过增加结算比例、提高大病补偿封顶线、扩大就医范围等惠民政策，大大激发了农民参合的积极性；农村基本公共卫生服务资金的投入，很大程度上提高了农村居民基本公共卫生、重点人群卫生、基本卫生安全保障等方面的服务质量，农村卫生状况明显改善；在农村卫生机构基本服务能力建设方面，新设备的到位使农民就医难问题有所缓解；通过对基层卫生技术人员培训，农村卫生人员的医疗技术水平和服务能力有了明显提高。
    二、审计发现的主要问题
    （一）新型农村合作医疗基金累计结余超过省规定的控制比例
    截至2006年末，全省新型农村合作医疗基金累计结余83485.96万元,占当年筹集基金总额的41.52%，有10个省辖市累计结余超过省财政厅关于“基金累计结余控制在当年度筹集基金总额10%左右”的规定。形成基金结余比例过高的主要原因一是2006年度提高了基金筹资标准，各地虽相应调整了补偿方案，增加结算比例，提高了大病补偿封顶线，但补偿标准仍然偏低；二是部分县医保补偿费用年末尚未拨付；三是部分地区目录外药品和诊疗费用比例偏高，农民个人负担部分大。
    （二）部分地区配套资金不到位，拨付不及时
    配套资金不到位共计1341.51万元，专项资金拨付不及时共计1884.14万元。主要原因：一是农村基本公共卫生服务是2006年新的项目，实施方案下发较晚，影响了各地年度预算对地方配套资金的安排；二是部分省补资金下拨较迟，影响基层分配结算，导致市、县资金转拨不及时。另外，财力困难也是部分地区配套资金不到位的一个原因。
    （三）部分地区新型农村合作医疗基金经办机构人员、经费不落实
    省财政厅明确规定，各级财政部门要将经办机构人员和工作经费列入年度预算，予以保证。但徐州、盐城、南京市部分乡镇合管办工作人员未从乡镇卫生院分出，财政未安排工作经费或安排不足，工作经费主要还是由乡镇卫生院承担。乡镇合管办与卫生院两块牌子一套班子的运作方式，使乡镇合管办与卫生院形成共同利益关系，不利于对合作医疗支出实行有效监督。
    三、审计建议
    对审计发现的问题，各级审计机关都依照国家和省有关规定，分别作出了审计处理。同时，省审计厅根据审计情况，提出了以下建议：（一）各市、县、区政府及相关部门要在充分调查论证的基础上，按照“以收定支、收支平衡、保障适度、专款专用”的原则，制定科学、合理的新型农村合作医疗费用补偿制度,使补偿标准与筹资标准同步提高，达到既要防止基金透支，又要避免基金结余过多的目的。（二）加强合管机构建设。规范乡镇合管机构经费来源渠道，人员工作经费必须列入当地财政预算。同时，理顺镇级合管机构与乡镇卫生院监管与被监管的关系，坚决割断两者的利益关系，确保监管的有效性。（三）进一步加大对农民健康工程资金的监管力度，严格考核各地资金拨付情况，确保省补专项资金及时到位；加强对经办机构的管理，促进其提高日常基础工作水平，管好用好农民健康工程专项资金。
    四、审计发现问题的整改情况
    对审计发现的问题，各地根据审计机关的处理意见已积极组织整改。截至2007年6月30日，欠拨资金已拨付到位；配套资金不到位问题，各地也正在积极筹措资金解决。